課程資訊
課程名稱
基因體數量分析方法
Quantitative Medthod Genomic Research 
開課學期
101-2 
授課對象
學程  生物統計學程  
授課教師
程蘊菁 
課號
EPM7174 
課程識別碼
849 M0690 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期一7,8(14:20~16:20) 
上課地點
公衛211 
備註
本課程中文授課,使用英文教科書。1.上課地點:公衛214與賴亮全、蔡孟勳、劉貞佑、施惟量合開
限學士班三年級以上
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1012qmgr 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程主旨在於學習如何分析基因體及遺傳相關的資料,目的在於循序漸進以進行基因體及遺傳相關研究。課程內容分為二大部份:基因體及遺傳關聯分析以及其於不同領域之應用。針對每一部分,先介紹實驗設計,接下來運用各種遺傳軟體進行實際分析。修課學生以具備遺傳學、生物統計或生物資訊的背景,或相關研究的經驗為佳。學生將需繳交作業與期中、期末報告。
 

課程目標
訊練學生做基因相關研究的實務分析能力 
課程要求
英文文獻的閱讀及遺傳分析軟體之操作 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
1) Human Genome Epidemiology
Khoury MJ, Little J, Burke W (Eds.) 2004
2) Introduction to Genetic Analysis
Griffiths AJF, Wessler SR, Lewontin RC, Carroll SB (Eds.) 9th ed., 2008
 
參考書目
1) Statistical Methods in Genetic Epidemiology, Duncan C. Thomas Oxford 2004.



 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
作業  
60% 
每份作業15% 
2. 
期中及期末報告 
30% 
期中:10%; 期末:20% 
3. 
出席 
10% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/18  前言及遺傳關聯性研究設計
Introduction and Study Design of Genetic Association Study 
第2週
2/25  遺傳標記的選取
Selection of Genetic Markers
 
第3週
3/4  遺傳半型block與連鎖不平衡圖 (作業1)
Haplotype Block and LD block (HW1)
 
第4週
3/11  哈溫平衡及單一核苷酸多型性分析
Hardy-Wenberg Equilibrium & SNP Analyses 
第5週
3/18  國際學術交流活動
Accreditation activity
 
第6週
3/25  遺傳半型分析 (作業2)
Haplotype Analyses (HW2)
 
第7週
4/1  多重測定之校正 (胡賦強老師)
Special talk: Correction for Multiple Tests
 
第8週
4/8  期中討論及報告 (Midterm Discussion and Presentation) 
第9週
4/15  基因與環境之交互作用
Gene-Environment Interaction
 
第10週
4/22  全基因關聯研究
Genome-Wide Association Study 
第11週
4/29  以系統生物學角度來解析複雜蛋白質網路 (林仲彥老師) (作業3)
Decipher the complex protein network in systems biology (HW3)
 
第12週
5/6  表基因體學簡介及觀念 (劉貞佑老師)
Epigenetics: Introduction and general concepts
 
第13週
5/13  探討潛在生物路徑 (蔡孟勳老師)
Explore potential Biological Pathways
 
第14週
5/20  DNA甲基化之遺傳研究 (賴亮全老師) (作業4)
Genetic Research on DNA Methylation (HW4) 
第15週
5/27  傳染遺傳流行病學 (施惟量老師)
Infectious-Disease Related Genetic Association Research
 
第16週
6/3  失智症及攝護腺癌之遺傳研究
Genetic Research on Dementia and Prostate Cancer 
第17週
6/10  期末報告 (I)
Final Presentation (I)
 
第18週
6/17  期末報告 (II)
Final Presentation (II)